Con respecto a tus preguntas:
1- Es un esquema diferente. El FreeNX es mas administrable, mas seguro, posee un cache y un proxy. Por el otro lado, no hay ningún problema en usar VNC.
2- La posibilidad existe (aunque es mas seguro armar una VPN) y la limitación es el ancho de banda. Los clientes de tipo “terminal server” tienen un consumo estable, mientras que conectar el cliente al servidor dependerá del volumen de datos, por lo que es menos escalable.
3- Es perfectamente viable
4- No hay diferencias. Lo que cambia en realidad es el mecanismo de acceso a la aplicacion. A través del servicio de “Java Web Start”, el usuario se descarga la aplicación desde el servidor la 1era vez que se conecta y cada vez que hay actualizaciones. Si uno utiliza el .exe directamente se debe preocupar de instalar y actualizar los clientes. El resultado final es exactamente el mismo, con la misma funcionalidad y arquitectura. El unico cambio es en el “delivery” de la aplicacion.
5- No no existe un cliente web al momento. Se encuentra dentro de los planes de desarrollo, pero actualmente no esta disponible.
Saludos