La verdad es que no termino de entender el planteo.
En realidad, por centros de costos normalmente se entiende la posibilidad de agrupar transacciones por algún criterio. Normalmente no tiene que ver con el plan de cuentas. En Libertya, por ejemplo, se puede utilizar el concepto de “Organizacion” como centro de costos.
Cuando se registran transacciones en la contabilidad, sin importar de que tipo sea (facturas, cobros, etc); se contabilizan indicando la organizacion donde se origina el documento. Luego, podes filtrar los informes contables por organizacion. Entonces tenés por ejemplo, que podes ver el saldo de la cuentas de “cuentas por cobrar” de la organizacion 1 separado de la de la organizacion 2.