Una alternativa posible sería representar ya sea las Obras o los Responsable como Almacén, pero usar el documento de Transferencia de Mercadería. Mediante el mismo se puede registrar la salida de mercadería y por otro lado, en otro momento diferente, el ingreso al depósito destino.
Si se requiere hacer un movimiento inmediato de mercadería (entre almacenes), se puede usar la ventana de Movimiento de Inventario.
Otra opción es mantener un único almacén, y representar con Ubicaciones a las obras o los Responsables.