El problema es que al eliminar las líneas de conciliación, no desconcilia los pagos relacionados con dichas líneas. Lamentablemente, este fix tampoco estará solucionado para la próxima versión porque se detectó al momento de sacar los fuentes para el próximo release.
De todas maneras, para Mayta la solución fue desplegar el campo isReconciled en las ventanas Medios de Cobro y Medios de Pago, colocándolo como siempre actualizable para que puedan manejarlo manualmente.
Saludos
Matías Cap