Hola,
te comento cómo lo resuelvo yo:
1) Sea que la entidad financiera que descuenta el valor es un banco configurado en el sistema o no, yo lo deposito en un banco y al mismo tiempo registro una extracción por el monto que efectivamente me dieron por el cheque. Por la diferencia, que son los intereses y gastos del adelanto, registro una factura de compra y la pago con el banco en el que registré el depósito. En la conciliación bancaria, los tres movimientos se compensan entre sí.
2) Configuré un cargo llamado “Liquidación de préstamos”, que imputa a la cuenta contable específica. Para registrar el débito del préstamo, lo hago desde “Medios de cobro”, creando una “Transferencia entrante” en la cuenta correspondiente que haga referencia al cargo “Liquidación de préstamos” en la entidad comercial del banco. De esta forma la contabilidad crea los registros correctos.
Espero que te sirva.
Saludos cordiales,
Juan Manuel.