Javier,
Como te contestas solo: el exe solo es un launcher. Unicamente es necesario tocarlo cuando se agregan JARs externos al proyecto ya que ahi va el classpath. Cuando compilas lo que cambia es el contenido de los JARs que estan el /lib

Respecto del compilar.bat , existe y es la manera mas facil de compilar. De hecho, yo no programo, pero las veces que quiero tocar algo -no mas de una o dos lineas – lo hago con un editor cualquiera y luego ejecuto el compilar.sh. Cuando usaba Software propietario en mi notebook, usaba el .bat

Saludos
Antonio