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Buenas!
Vamos por partes…
Clase LaunchInvoice, método doIt(). Hay varios threads en el foro al respecto de cómo rellenar los reportes desde Java, como por ejemplo éste.
Eso no sabría contestarte, dado que justamente la etapa de customización de los reportes es inherente a cada empresa.
Aunque es un producto de código abierto y versátil en varios aspectos, hay que tener en cuenta que Libertya no es una aplicacíón pequeña, es un ERP. Se requiere un mínimo conocimiento para su uso general, y un tanto más si tenés la tarea de ponerlo a punto para su funcionamiento en una empresa.
Esta problemática no es exclusiva de Libertya, la puesta en producción de cualquier ERP conlleva este tipo de tareas.
Sin embargo, contás con la ventaja que otros productos no brindan (además de costo cero de licencia): tenés todo el código disponible, contás con un foro activo y participativo, y como si esto fuera poco, están los cursos online que podés llegar a tomar si son de tu interés.
Suerte,
Federico