El cliente tiene 2 puntos de venta electrónicos, ambos en Libertya 18.06 con factura electrónica nativa.
Las facturas, NC y ND se efectúan, completan e imprimen correctamente. Cada una tiene su CAE.
Ambos TPV hacen referencia al mismo CUIT, con diferentes nros (6 y 8) y sus correspondientes certificados, todos registrados como válidos y en Producción.
Los comprobantes A, de ambos se encuentran registrados en AFIP (se hizo un muestreo) y los comprobantes B del TPV 6 también.
En algún momento los comprobantes B0008 dejaron de aparecer como registrados en AFIP, a pesar de tener cada uno su CAE

El log de uno de ellos es el siguiente
15/02/2020 15:44:34 [1143940] Iniciando FECAESolicitar para factura B000800000311 en https://servicios1.afip.gov.ar/wsfev1/service.asmx

15/02/2020 15:44:34 Invocando a loginCms para POS 8 en https://wsaa.afip.gov.ar/ws/services/LoginCms
15/02/2020 15:44:34 TicketRequest: <?xml version=”1.0″ encoding=”UTF-8″?><loginTicketRequest version=”1.0″><header><uniqueId>1226293710</ uniqueId><generationTime>2020-02-15T10:44:18.638</generationTime><expirationTime>2020-02-16T09:44:18.638</expirationTime></header><service>wsfe</service></loginTicketRequest>
15/02/2020 15:44:35 [1143940] Invocando a RECompUltimoAutorizado
15/02/2020 15:44:36 [1143940] RECompUltimoAutorizado obtenido 310
15/02/2020 15:44:36 [1143940] Invocando a FECAESolicitar para factura B000800000311
15/02/2020 15:44:36 [1143940] FeCabReq: cantReg=1, cbteTipo=6, cbtePtoVta=8
FeDetReq_1: cbteDesde=311, cbteFch=20200215, cbteHasta=311, concepto=1, docNro=1, docTipo=96, fchServDesde=null, fchServHasta=null, fchVtoPago=null, impIVA=5847.43, ImpNeto=27844.91, ImpOpEx=0.0, ImpTotal=33692.34, ImpTotConc=0.0, ImpTrib=0.0, MonCotiz=1.0, MonId=PES
AlicIva_1: baseImp=27844.91, id=5, importe=5847.43
15/02/2020 15:44:37 [1143940] Finalizada FECAESolicitar para factura B000800000311 NRO:311 CAE:70070054998121

Pero si buscamos este comprobante en : https://serviciosweb.afip.gob.ar/genericos/comprobantes/cae.aspx, la consulta indica que (textual) Se ha detectado al menos uno de los siguientes errores:
El NÚMERO CAE consultado no existe en las bases de datos del organismo.
Se podrán constatar comprobantes con FECHA DE EMISIÓN del 01/01/2013 en adelante.
La CUIT del emisor no se corresponde con el CAE ingresado.
El TIPO DE COMPROBANTE no se corresponde con el CAE ingresado.
El PUNTO DE VENTA consignado no se corresponde con el CAE ingresado.
El NÚMERO DE COMPROBANTE no se corresponde con el CAE ingresado.
La FECHA consignada no se corresponde para el CAE ingresado.
El IMPORTE TOTAL no se corresponde con lo registrado en las bases de datos del organismo.
El TIPO Y NÚMERO DE DOCUMENTO del receptor no se corresponde con la informada en el comprobante o no es válida y no se encontraba activa al momento de emisión.

CUIT: 20115733290
Denominación: ROSSI DANIEL LUIS ANDRES
CAE: 70070054998121
Fecha de Emisión: 15/02/2020
Tipo de Comprobante: 6 – Factura B
Comprobante: 0008-00000311
Importe Total: 33692.34
Documento: 96 – DNI 28373122

Esto se ha descubierto porque hay un cliente del mismo que es una institución exenta que controla los comprobantes contra AFIP.
Le ha pasado a alguien? Alguna forma de rastrear esto?