Hola gracias por tu respuesta, igual lo que hice es generar por afuera los archivos, pero al cargarlos y ya ingresar el CRT que me entrega Afip me sale el siguiente error:

Error en validación certificado homologación: java.lang.Exception: Error al obtener nuevo TA. Certificado no emitido por AC de confianza. Error en validación certificado produccion: java.lang.Exception: Error al obtener nuevo TA. generationTime posee formato o dato inválido (ej: en el futuro o más de 24 horas de antigüedad).