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Buenas,
Particularmente el tema pruebas podría llegar a molestar un poco. En realidad en la base de datos que se utilizará en producción no deberían realizarse pruebas, sino tener una copia actualizada de la misma y allí realizar las pruebas.
Podrías probar a revertir todos los documentos, pero según las pruebas realizadas, esto no podría llegar a ser posible. Eliminar los registros transaccionales es algo muy complicado, debido al conjunto de referencias cruzadas que hay entre todas las tablas, y eliminar en cascada podría llevarte a un problema aun mayor.
Quizás lo más prudente sea por ejemplo ver de llevar el estado de cuenta de todos tus EC a cero, o realizar un recuento de inventario a cero del stock, etc. Al menos así “pones a cero” las cosas a partir de una fecha.
Por otro lado, deberías tener cargado e importado el plan de cuentas (por lo que mencionás, lo hiciste), y haber realizado la configuración contable correspondiente a fin de que los asientos se generen bajo las cuentas correctas (a menos que utilices directamente el plan de cuentas por defecto de LY).
Saludos,
Federico