Estimado, con respecto al servidor estas bien encaminado, un ubuntu server o CentOS, tendrían que ir bien… No me inclino por Zentyal, porque es un ubuntu pero con muchos módulos extras que lo hacer un poco pesado…
Con respecto a la conexión remota, tenes que tener en cuenta que en los dos casos que estas considerando dependes de conexiones a internet (que servicios tenes o podes conseguir) ya que si se cae la conexión la sucursal no podría operar…
Por otro lado, Libertya tiene un modulo de replicación, lo que te permitiría tener un servidor en cada sucursal y replicar sobre el de la casa matriz. Esta solución es mas costosa en infraestructura pero mas confiable…
Saludos