Buenas,
Podés utilizar la ventana “Asignar Cobranza”, en el perfil Administración con el fin de realizar imputación débito-crédito.
Sin embargo, en lugar de realizar el circuito Facturas, Cobros, Asignar Cobranza; podría llegar a ser más útil utilizar la ventana de Recibos de Clientes, la cual ya realiza la imputación correspondiente: seleccionas la o las facturas a imputar y en la siguiente pestaña indicás los medios de cobro correspondientes.
Saludos,
Federico