Dario,
Es muy común el impedimento a eliminar cierta información justamente por temas de auditoria, y es por ésto que en muchos casos, aunque el registro no esté referenciado sea imposible eliminarlo.
Sin embargo, se puede modificar dicho comportamiento. Para el caso de Familias, Accediendo como System Administrator, en Tabla y Columna buscar la tabla M_Product_Gamas y tildar el check Registros Eliminables.
Por último, tené en cuenta que los registros no activos no se muestran en los combos referenciales, con lo cual tampoco sería un escenario demasiado adverso.
Saludos,
Federico