Para recontabilizar documentos, podes volver a presionar el botón contable de cada documento, y así se los asientos toman las nuevas cuentas intervinientes. Entiendo que existe un proceso masivo que recontabiliza las cuentas, no lo hemos usado. Podrías probarlo en una base de prueba.
Los nombres de cualquier cuenta contable en libertya son solo descriptivos, no tendrás inconvenientes en renombrarlos.