La única diferencia entre un cheque diferido y uno común será que al momento de hacer la asignación uno tendrá la fecha de hoy y el otro una fecha futura, no? y el único punto de control necesario será en el boleta de depósito, para no depositar un cheque de terceros diferido, es correcto?
Tal como comentás, la fecha a tener en cuenta es la de vencimiento del cheque (campo duedate). Al realizar la boleta de depósito, la funcionalidad controlará la fecha del cheque contra la actual. Un último paso sería realizar en algún momento la conciliación bancaria de tu cuenta.