Ramiro,
Como estás. A ver si te sigo. ¿Levantás el servidor de aplicaciones, y desde el browser llegas a acceder correctamente a la página principal de libertya (tanto desde XP como desde Vista)?
Supongo que posteriormente descargaste el JNLP para iniciar JWS, y es ahí donde llega al 99% y no abre nada en Vista? Muestra algún error en pantalla?
Una posibilidad es que tengas alguna complicación con el Java Web Start que te impida lanzar el programa. Tené en cuenta además que las restricciones de seguridad en Vista son mayores que en XP, quizás el problema se origine en un tema de configuración del SO.
Saludos!
Federico