No se si entendí bien la consulta pero te cuento que en LY podes manejar descuentos de dos maneras:
A Nivel de Linea: el descuento se aplica directamente sobre el precio, sería casi lo mismo que trabajar con el precio desde su lista de precios. En vez de imprimirse X$ se imprime X-Descuento $
A Nivel de Documento: Se agrega una línea a la factura, correspondiente al descuento en cuestión.
Esa parametrización la indicas en la configuración de los descuentos. (Perfil de Administración, creo.)