No hemos usado Nros de Series con el secuenciador automático del atributo… así lo estan manejando? O el atributo es un campo numérico y ustedes ingresan su nro de serie al momento de ingresarlo en el stock?
En cualquier caso, para eliminar artículos del stock deberás realizar movimientos de salida, quizá desde el módulo de Entrada/Salida Simple. Luego marcar el artículo como inválido. Contás con el reporte de Detalle de Almacén para ver sus movimientos, aunque es probable que debas agregarle la columna de Instancia de Conjunto de Atributos porque quizá no la traiga por defecto.
Si te es posible, danos mas detalles de como tenes configurado el uso del atributo en cuestión, así como de si estan usando otro atributo aparte de éste.