Buen día, comento como solucione el problema, el tema es que toda factura en dolares tiene una cotización a la que se debe tomar el dolar, la cual es la que se toma para calcurar impuestos de la factura. Pero esta cotización no es la que se toma, generalmente, para pagar el total de la factura, entonces tuve que hacer con mi desarrollador, que la factura tome una cotización al momento de completarla, y esta quede fija mas allá de si cambiamos la cotización del dolar, todo un problema digamos.
Espero los desarrolladores de Libertya corregir pronto esta situación.
Saludos.