Hola,
Usé Mint durante mucho tiempo y nunca tuve problemas. Se me ocurren dos alternativas:
* problema con el tema de la interfaz gráfica; o
* algún problema externo a Libertya, particularmente con el controlador de la placa de video
Para la primer alternativa, probá cambiar el tema (Herramientas -> Preferencias -> Tema de interfaz del usuario).
Para la otra, probá ejecutar otra aplicación Java, por ejemplo la configuración de Java web start (javaws -viewer), y fijate si tenés el mismo problema. En este caso, muy probablemente tenga origen en el controlador de video o su configuración.
Espero te sirva.
Saludos,
Juan Manuel.